Cuentas por pagar, facturas sin auditar y documentación incompleta: los problemas financieros en la Nueva EPS que alerta la Contraloría

La Dirección de Información, Análisis y Reacción Inmediata (Diari) de la Contraloría General lanzó una alerta por presuntas irregularidades relacionadas con la administración y finanzas de la Nueva EPS, intervenida por el Gobierno desde abril de 2024. Según la entidad, habría un notable incremento de anticipos y cuentas por pagar, el represamiento de facturas sin auditar y falencias en la contratación de prestadores y en la constitución de reservas técnicas.

Los hallazgos de la Contraloría se publicaron luego de que, durante el mes de julio, la entidad llevara a cabo un operativo de policía judicial en las instalaciones de la EPS para recaudar información técnica, administrativa, jurídica y financiera no disponible en los sistemas de información que administra la Superintendencia Nacional de Salud.

La diligencia incluyó entrevistas, inspecciones, toma de evidencias físicas e imágenes forenses de las vigencias 2022, 2023, 2024 y del primer semestre de 2025, que sumaron más de 4.000 archivos.

La entidad informó que la alerta se remitirá a la delegada para el Sector Salud con el fin de que determine los procedimientos de control fiscal correspondientes, entre ellos, la determinación de responsabilidad fiscal. También lo hará a las autoridades competentes por responsabilidades disciplinarias y penales.

Por su parte, el presidente Gustavo Petro recordó que los hallazgos de la Contraloría coinciden con las razones que llevaron al Gobierno a intervenir la EPS. También aprovechó el pronunciamiento para lanzar una crítica a la Comisión Séptima del Congreso sobre la reforma a la salud y un llamado a la Corte Constitucional para permitir las auditorías forenses a las EPS.

“La investigación casi judicial de la Contraloría arranca desde 2022 y recoge las razones que llevaron a la intervención. Anticipos extraños por centenares de miles de millones, falta de reservas técnicas billonarias y medicamentos con sobrecostos. La Comisión Séptima decidirá si continúa con su fracaso en la reforma pensional, ahora repetida en la de la salud. La Corte Constitucional debe permitir la auditoría forense a las EPS. La justicia está para develar el crimen”, dijo.

No obstante, la Contraloría afirmó en su informe que, pese a la intervención de la Supersalud, se evidencian “riesgos de deterioro progresivo” en la EPS.

Más de 15 billones de pesos en anticipos pendientes por legalizar

Tras un análisis preliminar de los hallazgos de la Contraloría, se detectó un incremento significativo en los anticipos pendientes por legalizar entre las vigencias 2023 y 2024. Pasaron de los 3,4 billones a los 8,6 billones de pesos. En cuanto a la vigencia de 2025, al corte de junio se acumularon 6,6 billones de pesos adicionales frente al total reportado el año pasado, lo que da una suma de 15,27 billones de pesos. Ello evidencia, según la entidad, un crecimiento acelerado. 

Según la Contraloría, esta situación “compromete la liquidez institucional y aumenta el riesgo de un posible detrimento patrimonial, especialmente aquellos que superan los dos años por valor de 143.000 millones de pesos”. Esto se suma al hallazgo en el primer semestre de este año de un saldo elevado de anticipos pendientes por legalizar por 5,7 billones correspondiente a la vigencia 2024.

Más de 13 billones de pesos en facturas de servicios de salud sin revisión o validación

El análisis preliminar identificó 22.737.247 facturas, de las cuales 9.155.060 estaban repetidas y cuyo valor ascendía a 8,9 billones de pesos. Al excluir los registros duplicados, se detectaron facturas por valor de 13,2 billones de pesos pendientes por procesar.

El 37,1 por ciento de estas facturas corresponde a la vigencia 2024 y el 59,9 por ciento restante al primer semestre de 2025. Según la Contraloría, estas cifras indican que el 97 por ciento de las obligaciones reportadas aún no ha sido sometida a revisión por parte de la EPS.

“Estas circunstancias generan inconsistencias contables y financieras, debido a la falta de verificación de aspectos fundamentales como la  pertinencia del costo, el cumplimiento contractual y la validez de los soportes”, señala el informe.

Además, la entidad encontró que en 36 prestadores de salud de una red de más de 2.700 se concentra el 40 por ciento del valor total pendiente por procesar, equivalente a 5,2 billones de pesos, “lo que eleva significativamente el riesgo fiscal en caso de presentarse incumplimientos o litigios”, agregó la Contraloría.

Más de 21 billones de pesos acumulados en cuentas por pagar

En cuanto a las cuentas por pagar, con corte a marzo de 2025 presentaron un valor acumulado de 21,37 billones de pesos. Según la entidad, esta es una cifra “que pone en riesgo la sostenibilidad financiera de la EPS y del Sistema General de Seguridad Social en Salud, toda vez que su cobertura es de aproximadamente el 22 por ciento de la población afiliada”.

La Contraloría explicó que estas cuentas, las facturas pendientes por procesar y los anticipos no legalizados, “reflejan un desequilibrio entre ingresos y egresos, que podría llevar a restricciones en la prestación de servicios y afectar la estabilidad financiera de la entidad”.

Faltantes de contratos y reservas técnicas sin respaldo

Según la Contraloría, la Nueva EPS no entregó los soportes contractuales que den cuenta del cumplimiento de los requisitos mínimos contemplados en el Decreto 441 de 2022, sobre la celebración de acuerdos de voluntades para la prestación de servicios y tecnologías en salud entre el asegurador y su red prestadora. Entre los documentos faltantes se encuentran copias de contrato, notas técnicas, anexos y demás requisitos exigidos.

Por otra parte, la entidad detectó que, con corte a diciembre de 2024, hay “una subestimación en la constitución de la reserva técnica no liquidada y liquidada” por un valor de 11,1 billones de pesos, así como falta de soporte de autorizaciones y de facturas.

Y advirtió que, pese a la exigencia de la normatividad respecto a los sistemas de información para ejercer control en el procesamiento de datos, la EPS no acreditó la suficiente capacidad tecnológica para garantizar la calidad de los datos sobre la gestión de los recursos de la salud.